Schon kurze Zeit nach seiner Gründung war das IGdJ mit eigenen wissenschaftlichen Publikationen an die Öffentlichkeit getreten. Auf der Suche nach einem Verlag für die institutseigene Schriftenreihe „Hamburger Beiträge zur Geschichte der deutschen Juden“ kooperierte das IGdJ zunächst mit dem Hamburger Leibniz-Verlag. Seit 1973 erschienen die weiteren Bände beim alt eingesessenen Christians Verlag, dessen Geschichte bis ins Jahr 1740 zurückreicht. Seit der Insolvenz des Christians Verlag 2004 kooperiert das IGdJ mit dem Göttinger Wallstein Verlag. Inzwischen liegen 55 Monografien, Sammelbände und z. T. mehrbändige Dokumentationen vor, in denen sich verschiedene und interdisziplinäre Zugänge zur jüdischen Historiografie abbilden. Zudem existiert seit 1993 die Paperback-Edition „Studien zur jüdischen Geschichte“, die vom Dölling und Galitz Verlag (München und Hamburg) betreut wird und in der bis heute zehn Bände publiziert worden sind. Darüber hinaus ist das IGdJ häufig Herausgeber von Publikationen, die in Zusammenarbeit mit anderen Forschungseinrichtungen entstehen und von daher nicht immer in einer der beiden Reihen verlegt werden.